A belső szűrőt közvetlenül a tartályban kell elhelyezni. 

Elsősorban a kisebb és a közepes méretű akváriumokhoz ajánljuk a lebegő anyag és a darabos szennyeződések eltávolítására. A készülék szivattyúból, szűrőfejből és szűrőanyagból áll. Ezek az eszközök 200 liter befogadóképességű és ennél nagyobb akváriumokhoz is kaphatók.
A belső szűrő másik előnye, hogy nincs szükség külső csatlakozásra. Nem kell aggódnia amiatt, hogy egy meglazult vezeték miatt a víz elárasztja a szobát. Ezenkívül a belső szűrő rendszerint modulrendszerű összeállítást biztosít, így könnyen hozzáigazítható minden tartály sajátos adottságaihoz.
Számos típus esetében a vízszállítás mértéke és az áramlás iránya is beállítható. A belső szűrőt hihetetlenül könnyű felszerelni, hiszen tapadókorongokkal, illetve mágnessel rögzíthető belülről a tartály üvegfalára. Tisztításnál ugyanilyen egyszerű az eltávolítása is. Ugyanakkor a belső szűrő hátrányairól is említést kell tennünk. Például arról, hogy helyet foglal el az akváriumban, és bár csak akkor kell megtisztítani, ha már nem működik hatékonyan, ez jóval sűrűbben fordul elő, mint a külső szűrők esetében – nagyjából 14 naponta.