A szűréshez mechanikai, biológiai és kémiai anyagok állnak rendelkezésre. 

Mechanikai szűrést biztosít például a habszivacs, a filcbetét és a gyapjútöltet. A szűrőanyagoknak ez a típusa csapdába ejti és eltávolítja a vízből a lebegő anyagokat. Különösen alkalmas a darabos szennyeződések kiszűrésére, de a biológiai szűrés eszközeként is felhasználható.

A biológiai szűrést biztosító anyagok, például az üveg- és kerámiagyűrűk, a pelletek, a szerves anyagú labdacsok és a lávakő nem közvetlenül tisztítják meg a vizet, hanem olyan baktériumok élőhelyeként szolgálnak, amelyek a növények számára hasznos tápanyaggá alakítják át a vízben lezajló biológiai folyamatok eredményeként keletkező metabolitokat (bomló növényi részeket, a halak emésztőrendszeréből távozó, valamint a légzéssel a vízbe kerülő anyagokat. E metabolizmus problémamentes működéséhez fontos a víz magas oxigéntartalma.
Az egyik legismertebb szűrőanyag az aktív szén. Úgy működik, hogy fizikailag elnyeli a nehézfémeket és gyógyszermaradványokat, ezáltal megakadályozza a halak mérgeződését. A szénszűrőt kéthetente kell cserélni.
Lényeg a teljesítmény

Mindegy, hogy külső vagy belső szűrő mellett döntünk, a lényeg, hogy a kiválasztott szűrő az akvárium adottságainak megfelelő teljesítményre legyen képes, azaz óránként 2-3-szor meg tudja forgatni a vizet. Ha sok hal van az akváriumban, akkor óránként akár 6-szoros vízforgatásra is szükség lehet.